作品ガイド · 2006
映画を最初から最後まで、場面ごとに文章でたどります。これを読めば、話の流れがすべて分かります。
※結末まで、すべてのネタバレを含みます。
20年前。若いころのプロフェッサーXとマグニートーが、2人そろって少女ジーン・グレイの家を訪ねる。ジーンは、手をふれずに近所の車を宙に浮かせ、2人を驚かせる。2人はまだ、同じ夢を持つ仲間だった。
10年前。ある少年が浴室で、背中から生えてきた小さな翼を必死に切り取ろうとしている。父親のウォーレン・ワーシントン2世は、息子がミュータントだと知って言葉を失う。
今。学園の地下の訓練室で、ローガン、ストーム、生徒たちが巨大なロボットとの戦いを練習している。スコットはジーンを失った悲しみから抜け出せず、訓練にも身が入らない。
政府でミュータントの問題を担当するハンク・マッコイ（ビースト）が、大統領と話している。そこへ、ワーシントン社がミュータントの力を消す「治療薬」を作ったという知らせが入る。
ワーシントン社の研究所はアルカトラズ島にある。治療薬は、近くにいるミュータントの力を消してしまう少年ジミー（リーチ）の体から作られていた。
ミュータントの間では、治療薬を受けたい人と、それを侮辱と感じる人に分かれる。ストームは強く反対するが、さわる相手の命を吸ってしまうローグは、恋人のボビーにもふれられない自分に悩み、治療薬が気になってしまう。
マグニートーは、仲間と共に移送中のトラックを襲い、捕まっていたミスティークを助け出す。ジャガーノートなども仲間に加わる。
マグニートーをかばったミスティークは、治療薬の入った弾を浴び、ふつうの人間の姿に戻ってしまう。マグニートーは「もう仲間ではない」とミスティークを置き去りにする。
マグニートーはミュータントの集会で、治療薬はミュータントを消すための武器になると訴え、多くの仲間を集める。
スコットは1人でアルカリ湖へ向かう。湖の水の中から、死んだはずのジーンが現れる。2人は抱き合うが、ジーンの様子はどこかおかしい。
異変を感じたプロフェッサーXの指示で、ローガンとストームが湖へ向かう。そこには宙に浮く石と、気を失ったジーンがいた。スコットの姿は、メガネだけを残して消えていた。
学園に連れ帰られたジーンを前に、プロフェッサーXはローガンに打ち明ける。ジーンの中には「フェニックス」と呼ばれる強すぎる力があり、自分が長い間それを心の奥に閉じこめてきたのだと。
目覚めたジーンはローガンに迫るが、すぐに荒々しい別の顔を見せる。ローガンが止めようとすると、ジーンは彼を吹き飛ばして学園を出ていく。
ジーンは子どものころの家にいた。プロフェッサーXとマグニートーが同時に家を訪れ、ジーンを自分の側に引き入れようとする。
家の外では、ローガンやストームと、マグニートーの仲間たちが戦いになる。
家の中で、プロフェッサーXはジーンの心に語りかけるが、フェニックスの力が暴れ出す。家ごと物がばらばらに浮き上がり、プロフェッサーXの体はちりとなって消えてしまう。ジーンはマグニートーと共に去る。
学園では、プロフェッサーXをしのぶ会が開かれる。生徒たちは、学園を閉じるかどうか話し合う。ストームは学園を守ると決める。
人間になったミスティークは、政府にマグニートーの隠れ家を教える。軍が隠れ家を襲うが、そこにいたのはマグニートーではなく、分身できるミュータントだった。
社長の息子ウォーレン（エンジェル）は、治療薬を打たれる直前に翼を広げて研究所の窓を破り、空へ逃げる。彼はやがて学園にたどり着く。
治療薬を武器にした銃が軍に配られていると知ったビーストは、政府の仕事を辞め、X-MENに戻る。
ローグは、ボビーとキティが仲良く過ごす姿を見て心がゆれ、治療薬を受けに学園を出ていく。ローガンは止めずに、自分で選べと言う。
ローガンは1人でマグニートーの隠れ家へ行き、ジーンと向き合う。ジーンは自分の力をおそれ、「私を殺して」とつぶやくが、また力に飲みこまれてしまう。
マグニートーは、サンフランシスコのゴールデン・ゲート・ブリッジを力で引きはがし、アルカトラズ島への道にする。仲間のミュータントたちが島へ押し寄せる。
軍の治療薬の銃は、マグニートーの力の前に役に立たない。そこへローガン、ストーム、ビースト、ボビー、キティたちが駆けつける。
ジャガーノートは少年ジミーをねらって研究所の中を突き進む。キティは壁をすり抜けて先回りし、ジミーを連れて逃げる。ジミーの近くでは力が使えず、ジャガーノートは壁に頭をぶつけて倒れる。
ボビーは全身を氷に変えて、炎を使うパイロと戦い、勝つ。
研究所の屋上から落とされた父親を、ウォーレンが空から受け止めて救う。
ローガンがマグニートーの気を引くすきに、ビーストが治療薬をマグニートーに打ちこむ。マグニートーは力を失い、ふつうの人間になる。
兵士がジーンに銃を向けたことで、フェニックスの力が完全に目を覚ます。ジーンのまわりで、建物も人も、ちりになって消えていく。
ローガンは、体がくずれてもすぐに治る力で、ジーンに一歩ずつ近づく。ストームに、ほかの人を連れて逃げろと言う。
ジーンは一瞬、元の自分に戻り、ローガンに救いを求める。ローガンは「愛している」と告げ、涙ながらに爪でジーンの命を絶つ。
学園はストームが校長となって続けられる。ビーストは大使となる。
治療薬を受けてふつうの人間になったローグが学園に戻り、ボビーと手をつないで歩く。
力を失ったマグニートーは、公園で1人チェスをしている。金属の駒に手をかざすと、駒がかすかに動く。力は完全には消えていないのかもしれない。
ある病院で、医師のモイラ・マクタガートが、意識のない男の世話をしている。男が口を開くと、聞こえてきたのはプロフェッサーXの声だった。