作品ガイド · 2003
映画を最初から最後まで、場面ごとに文章でたどります。これを読めば、話の流れがすべて分かります。
※結末まで、すべてのネタバレを含みます。
ホワイトハウスで、青い肌のミュータントが一瞬で移動しながら護衛を倒し、大統領に迫る。最後の一撃の前に撃たれ、姿を消す。現場には「ミュータントに自由を」という紙が残された。
ローガンは、過去の手がかりを探しにアルカリ湖へ行ったが、何も見つからず学園に戻ってくる。
プロフェッサーXとサイクロップスは、牢屋のマグニートーを訪ねる。マグニートーは、軍人ストライカーにセレブロのことを話してしまったと明かす。その帰りに、2人はストライカーに捕まる。
ストライカーの兵士たちが、夜の学園を襲う。ローガンは子どもたちを逃がしながら戦う。ローガンはストライカーと顔を合わせ、昔の記憶がよみがえりかける。
ローガン、ローグ、ボビー、ジョン（パイロ）は、ボビーの実家に身を寄せる。ボビーは家族に自分がミュータントだと打ち明ける。
ジーンとストームのジェット機に乗った一行は、軍の戦闘機に撃たれる。墜落しかけたところを、マグニートーが救う。
ジーンとストームは、大統領を襲った青い肌のミュータント、ナイトクローラーを見つける。彼は操られていて、何も覚えていなかった。
ミスティークは看守に化けて、体に金属を入れ、マグニートーを牢屋から逃がす。
マグニートーは、ストライカーがセレブロのにせものを作り、プロフェッサーXを操って、世界中のミュータントを消そうとしていると話す。X-MENとマグニートーは手を組む。
一行は、アルカリ湖のダムの中にあるストライカーの基地に忍びこむ。
ローガンは、自分の骨に金属を入れた実験室を見つける。ストライカーの部下で、同じ爪を持つ女と戦う。
操られたサイクロップスがジーンを襲い、ジーンの力が暴走しはじめる。
マグニートーはセレブロのにせものを書きかえ、ミュータントではなく人間を消すように変えてしまう。ストームとナイトクローラーが、プロフェッサーXを幻から救い出す。
ダムがこわれ、大量の水が押し寄せる。ジェット機は動かない。
ジーンはジェット機を降り、力で水をせき止めながら、機体を持ち上げる。仲間を救ったジーンは、水の中に消える。
X-MENは大統領の前に現れ、ミュータントと人間がともに生きる道を考えてほしいと伝える。
最後に、湖の水の中に、炎の鳥のような形がぼんやりと浮かぶ。